A la fin de Sonic the Hedgehog 2, le Death Egg du Dr. Robotnik s'était écrasé sur Angel Island, où l'on trouve la Master Emerald, une émeraude aux propriétés incroyables qui permettrait de réparer le Death Egg.
Sonic et Tails essayent donc de la récupérer avant le Dr. Robotnik, mais ils ont sur leur chemin Knuckles, le gardien de la Master Emerald qui a été dupé par Robotnik.